단백질(protein)의 서열은 자주 변할 수 있지만, 그 단백질을 형성하는 구조는 그대로 유지하려는 특징이 있다. 이것은 단백질의 구조가 어떻게 이루어지는가를 생각해보면 납득할 수 있는 특징이다. 즉, 어떤 단백질의 유사성 정도를 알아보려면 서열이 얼마나 비슷한지를 측정하는 것도 방법이 되겠지만, 그것보다 구조의 유사성을 알아보는 것이 훨씬 더 도움이 될 것이다. 실제로, 서열이 상이한 두 단백질의 구조가 매우 비슷한 경우도 존재하며, 무엇보다 서열 정보만 가지고 단백질의 구조를 예측하는 것은 매우 까다로운 문제에 속한다.
이렇게 단백질의 구조의 유사성을 알아보는 것은 구조의 변화 과정, 즉 진화 과정도 어느 정도 추론할 수 있다.
다음은 어떤 두 단백질의 Superposition을 보인 것이다. 빨간색으로 표시된 부분은 두 단백질이 겹치는 부분을 뜻한다.
이렇게 단백질의 구조의 유사성을 알아보는 것은 구조의 변화 과정, 즉 진화 과정도 어느 정도 추론할 수 있다.
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