계통도 썸네일형 리스트형 Phylogenetic Analysis 2 계통도(Phylogenetic Tree)를 작성하기로 했다면, 가장 먼저 주어진 것은 서로 아무런 관계도 알 수 없는 탁사(taxa)들 뿐이다. 이것을 루트가 결정되지 않은 트리(unrooted tree)라고 하는데, 만약 4개의 탁사가 주어졌다면 여기서 결정할 수 있는 트리의 수는 (2n - 5)! / (2n - 3 * (n - 3)!)이다. 이것은 계통도의 특징 때문인데, 형상만 중요하지 특정 노드의 방향과 같은 것은 중요하지 않기 때문이다. 계통도를 그리고자 한다면 가장 먼저 결정해야 할 것은 루트를 결정하는 것인데, 루트를 어떻게 정하느냐에 따라 계통도의 모습이 크게 달라진다. 루트를 결정하는 방법은 여러가지가 있는데, 대표적으로 outgroup을 이용하는 방법이나 거리(distance)에 기반한.. 더보기 Phylogenetic Analysis 1 계통 분석(Phylogenetic Analysis)이란, 진화 관계나 트리(tree)를 형성해서, 이들의 진화적인 관계를 추적해보는 것이다. 진화 관계를 분석하는 대상이 되는 것들을 탁사(taxa)라 하는데, 경우에 따라 유전자나 종과 같은 것이 될 수 있다. 보통, 진화 관계를 추적하는데 먼저 DNA나 단백질(protein)의 서열 분석을 거친 뒤에 계통 분석 작업을 한다. Phylogenetic Tree는 대개 계통도(系統圖) 정도로 번역되는데, 형상은 크게 중요하지 않으며 서로의 관계가 중요하다. 이 계통도는 3가지 종류가 있는데, Cladogram, Phylogram, Ultrametric Tree로 나뉘어진다. 먼저, Cladoram은 트리의 구성에서 간선(branch)의 길이가 길든 짧든 상관.. 더보기 이전 1 다음